La missione della Fondazione 1563 per il periodo 2012-14 si esplica principalmente in due punti:

• la gestione e la valorizzazione culturale dell'Archivio Storico della Compagnia di San Paolo nella sua integralità;
• lo sviluppo di un programma di sostegno agli Studi sull'età del Barocco, con particolare attenzione ai ricercatori di nuova generazione.

A questo scopo, sono attivati annualmente concorsi per  borse di studio e organizzati seminari, lectio e momenti formativi. Le possibili intersezioni tra le attività di ricerca legate all'Archivio Storico e il sostegno agli studi sul Barocco sono privilegiate e sostenute, considerata la ricchezza del patrimonio documentario di Sei e Settecento conservato nella sede.